小腹疼痛和腰疼的原因主要如下：
1、女性常见的原因是月经期间盆腔充血，盆腔一系列刺激所造成。在月经期间，要多注意休息、多注意保暖，可能缓解症状；
2、如果是已婚、已产的女性，可能盆腔有炎症，但未婚、未育的女性，可能也会造成盆腔有炎症的问题存在，可以是慢性盆腔炎。慢性盆腔炎，常见的是经过尿路的感染，以及经过阴道的感染，容易引起小腹疼痛和腰痛。通常可以找妇科医生帮助检查和调理；
3、其它疾病：例如溃疡性结肠炎，本身就是全身免疫性的疾病，再加上有直肠的刺激症状，可能也引起上述表现。此外还要考虑盆腔腹膜后即，如骶前有无大的肿瘤、大的占位性疾病。这些疾病可能刺激到腰椎、脊椎的神经，同时影响到小腹的疼痛，通常需要做腹部的CT检查进行排除。
