吐苦水大多来源于肠道，部分患者可能存在肠向胃的反流，如做胃镜时经常会见到胆汁反流性胃炎。胆汁通常存在于十二指肠，如果幽门功能正常，胆汁不会倒流入胃内。由于疾病，如十二指肠、胃窦炎症等，影响到胃窦区域，导致动力紊乱、幽门关闭不够严，或胃窦向十二指肠蠕动不够协调，则会出现十二指肠的液体反流到胃。如果再从胃反流到食管，反流到口腔，就会有口吐苦水的感觉。
另外如果有胃肠炎，或因饮酒、进食不合适食物后，可引发较重的呕吐情况。若呕吐情况较重、较多，或持续时间较长，除将胃内物质吐出后，十二指肠内液体，也会因为压力变化反流到胃，再进入口腔，也会有吐苦水的感觉。这时可通过服用促动力药物，或明确病因后使用针对性药物，积极治疗原发疾病，从而缓解症状。经常吐苦水，通常是病理状况，应该给予治疗缓解症状。
