消化科的疾病种类较多，因为消化科的内镜可以完整看到整个消化道，包括食管、胃、小肠、结肠，还有肝、胆、胰等消化脏器。具体如下：
1、食管病变：如食管的炎症、肿瘤；
2、小肠病变：如小肠的肿瘤、小肠的出血，还有结肠的炎症、非特异性结肠炎，或者是炎症性肠病，包括溃疡性结肠炎、克罗恩病，以及结肠的肿瘤；
3、肝脏病变：各种原因所导致的肝炎，如自身免疫性肝炎、脂肪性肝炎，药物性肝炎等等，以及不同的原因导致的肝硬化，到失代偿期可能出现的并发症，如腹水、消化道出血等；
4、胰腺病变：如急、慢性的胰腺炎症，还有胰管的病变，以及占位性的病变；
5、胆道系统病变：如胆总管的结石等。
