大部分囊肿的手术时间比较短暂，大概2-3个小时足以完成，比较困难、累计范围比较广的囊肿可能需要4-6个小时，甚至更长时间。如果脑囊肿没有任何症状，可以不采取手术治疗，进行临床随诊观察即可。若观察过程中囊肿逐渐增大，并且引起了一系列症状，再进行手术治疗也不迟，手术时间取决于囊肿大小。具体如下：
1、脑囊肿手术是一种微创手术，可以在颅骨开一个小骨窗进行手术。位于垂体和鞍区的囊肿，则可经过单侧鼻孔进行神经内镜手术，手术大概2-3个小时能完成；
2、有的囊肿由于体积过大或者范围过于广泛，需要进行联合入路手术才能完成。比如一些表皮样囊肿，可能横跨幕下的桥小脑角区以及幕上的中颅窝，甚至长到对侧，这种情况可能通过单一的手术入路，路难以处理全部病变，若需要联合手术入路，手术时间会明显延长，大概要4-6个小时。
