患者出现胃肠神经紊乱，通常需采用综合治疗。因导致胃肠神经功能紊乱的因素较多，大脑与胃肠功能间存在密切关系，存在相互调节的机制，称为脑长轴。若仅调节胃肠功能可能不够，治疗中枢神经功能紊乱可能患者需进行心理疏导，应用调节神经递质的药物，如抗焦虑、抗抑郁药物等。患者应到综合医院神经内科、心理咨询门诊及精神专科，进行相应咨询与调整。同时还可应用调节胃肠功能的药物，如调节动力药物曲美布汀、得舒特等进行综合治疗。
胃肠道功能受大脑中枢神经系统、胃肠神经系统及自主神经系统调节，胃肠道功能通过神经递质、神经内分泌基质与大脑间存在交互影响，所以出现胃肠神经功能紊乱，可能由于大脑神经功能紊乱导致。大脑神经功能紊乱也受较多因素影响，因为人类有高级情感及智能活动，周围环境、社会环境均会对中枢神经系统产生较多影响。如长期处于紧张氛围中、经常感觉到压力、睡眠功能不佳、焦虑、抑郁或生长发育过程中周围环境、家人对患者的影响等，均可能会影响到中枢神经功能的健康。
