甲状腺大部分切除术后出现呼吸困难的原因，主要有以下四点：
1、出血：是最常见也最危急的原因，甲状腺是血液特别丰富的腺体，术后因为种种原因，可能在早期，即48小时内出现出血，出血之后因为颈线间隙很小，会压迫气管，导致呼吸困难，是非常危急的情况，多数情况需要敞开切口，进手术室进行二次探查止血治疗；

2、气管软化：比较大的甲状腺可能会压迫气管，出现气管软化，是比较少见的情况，术前气道压迫、气道变细比较明显的患者才可能会出现这样的问题；

3、喉头水肿：如果术前患者在气管插管的过程中比较困难，反复插管，可能会引起喉头水肿，喉头水肿会引起术后呼吸困难，但是在术中手术室，刚拔管时就会有比较明显的表现；

4、双侧喉管神经损伤：在临床中属于非常严重的并发症，很少见到，医生也会尽量避免发生，对患者影响较大，双侧喉管神经损伤不但会出现窒息、呼吸困难的问题，患者以后还会没法说话、构音，影响较大。

因此甲状腺大部分切除术后出现呼吸困难，最常见的原因是出血，是非常危急的并发症，医生应该尽量避免发生。