雾化吸入还是要掌握适应证，由医生来开具处方，才能达到治疗疾病的作用。
因为治疗方法总有一定的危害，如雾化吸入时的危害，从以前经常用抗生素做雾化吸入，此时其实特别容易诱导抗生素的耐药，造成以后其他口服抗生素的失效，或静脉用时不起作用，来耽误的严重感染或更深部感染的治疗。
在其他的时候，如现在的雾化吸入经常会使用到激素，如果用激素时后期漱口不够充分，也可能导致口咽腔感染或溃疡生成。
其他如雾化吸入的药如果把控不严格，如过敏的病人用到的药中有可能导致过敏的用药，会反而加重喘症。还有化痰药和盐水过浓时，可能导致气道刺激，引发气道高反应性，其实都是雾化吸入可能的危害。
另外，中药的雾化吸入，一般主张中药尽量做水蒸气的中药雾化吸入，而不要做超声波雾化。因为中药制剂不是很纯，超声波时会把杂质打得过细，吸入到肺里，也并不合适。
