中医治疗肛瘘有非常悠久历史，例如明代出现中医挂线疗法目前已经成为国际上治疗高位复杂性肛瘘一个标准方法。中医治疗肛瘘包括内治法、外治法两类，临床上一般以外治法为主，内治法多用于手术前后，内治法主要是指口服中药治疗，外治法是以手术为主，例如在肛瘘初期或急性发作期，即肛瘘手术前采用中药口服，例如中药如意金黄散外敷及中药止痛如神汤坐浴，通过清热解毒、消肿止痛可以缓解肛瘘症状，控制肛瘘病情发展。

肛瘘手术时较常用中医手术疗法有挂线疗法和切开疗法，还有切开挂线疗法相结合三种方法。低位肛瘘一般采用切开疗法，将肛瘘瘘管全部切开，同时将瘘管周围疤痕组织或纤维化组织进行适当修剪，从而达到引流通畅，创面才能逐渐愈合。手术成败关键在于手术过程能否正确地找到内口，并且将内口切除或切开，否则创面无法愈合，即使暂时愈合时间一长可以复发，高位单纯性肛瘘一般采用挂线疗法，高位复杂性肛瘘一般采用切开和挂线相结合方法。肛瘘术后往往大便后中药坐浴，肛门创面应用祛腐生肌中药膏外敷，例如九华膏。目前中医治疗肛瘘已经成为肛瘘主要治疗手段。