肺部真菌感染住院时间不定，需根据病情轻重、治疗是否有效，以及有无并发症而决定。真菌感染常见于免疫力低下患者，由于抵抗力低、营养状况较差，多数情况下治疗时间比细菌性肺炎治疗时间会长，常有1-3个月时间。患者是否可以出院还需要看患者体温是否正常，以及咳嗽、咳痰是否好转，影像学病变是否缩小、痰检是否查到真菌孢子和菌丝，以及有无严重并发症等决定。
部分患者静脉输液抗真菌治疗以后症状可以明显缓解，抵抗力较强，可以改为口服抗真菌治疗，也可考虑出院，在家继续口服抗真菌药物。抗真菌药物治疗要求长期，常需要治疗3-6个月，故出院以后需要定期到医院复查肝肾功能、血常规和肺部CT。
