肝囊肿和肝癌在CT上比较容易区分，但必须要在增强扫描的情况下，才能比较明确的鉴别，一般单纯CT平扫并没有办法明确。一般肝囊肿在CT扫描下整体呈现低密度、均一的情况，肝癌也呈现低密度，但相对囊肿的密度更低。因为囊肿内部主要是清亮的液体，而肝癌是实性肿瘤，里面主要是组织，所以囊肿在CT上的密度会更低，而且更为均一。
另外， 通过增强CT的检查，可以进一步地明确肝囊肿和肝癌。因为肝囊肿内部并没有相应的血液供应，所以在增强门脉期、动脉期、延迟期均属于低密度。而肝癌因为里面有动脉供血，所以在动脉期会呈现明显的强化，而在后面的延迟期有可能出现快速的消退，呈现典型的快进快出表现，在CT上能够明确地与肝囊肿进行相应区分。但也不排除某些肝癌的特殊类型，有可能会与肝囊肿比较难鉴别，比如囊腺癌或者其他类型的肿瘤。
