头孢克肟胶囊能够治疗常见尿路感染，尿路感染通常由于细菌感染导致，其中以革兰氏阴性菌为主，如常见大肠杆菌类细菌。头孢类抗生素较能够有效覆盖细菌感染，如头孢克肟或头孢克洛、头孢地尼等。此外，还有左氧氟沙星、呋喃妥因、磷霉素等，也能够较有效覆盖细菌感染引起的尿路感染。
除细菌感染外，支原体、衣原体感染也可能引起尿道炎、膀胱炎，治疗应使用大环内酯类抗生素，如阿奇霉素、罗红霉素等。因此，头孢克肟能够有效控制常见尿路感染，若治疗3-5天病情仍不见好转，此时可能需考虑有无其他病原体感染，或细菌对抗生素产生耐药，应更换药物进行治疗。
