奥硝唑和甲硝唑都属于硝基咪唑类药物，都用于治疗厌氧菌引起的感染。二者不同之处在于奥硝唑属于比较新一代的硝基咪唑类的药物，能够减少甲硝唑所引起的一些消化道不良反应，比如恶心、呕吐、食欲不振、腹部绞痛等。同时，奥硝唑的药效持续时间更长，所以可以减少服用次数，患者服用起来会比较方便，所以在抗感染治疗方面优势更为明显。
奥硝唑的适应症包括治疗由于厌氧菌感染引起的多种疾病，包括男女泌尿生殖道毛滴虫、鞭毛虫感染引起的疾病；还有肠道阿米巴虫引起的感染；手术后厌氧菌感染。不良反应包括轻度头晕、头痛、嗜睡、胃肠道反应。
而甲硝唑的疗效类似，主要是用于厌氧菌引起的感染，如牙龈炎、牙周炎、冠周炎、肠道阿米巴疾病引起的感染等。不良反应主要是消化道不良反应，包括恶心、呕吐、食欲不振等。
