新生儿黄疸时，可以选择服用的益生菌种类较多，如地衣芽孢杆菌、枯草杆菌二联活菌、双歧杆菌、乳酶生，均可以选择。新生儿出现黄疸的原因较多，如肝肠循环出现异常，可以适当服用益生菌，有利于改善肠道功能紊乱的情况，促进大便排出，对于黄疸消退有一定促进作用。
新生儿出现黄疸时除服用益生菌外，还要查明新生儿黄疸的原因，如果新生儿黄疸较严重，是病理性黄疸，需要查明病理性黄疸的原因。造成新生儿出现病理性黄疸的常见原因是新生儿出现溶血、感染、胆道畸形，这类病理性黄疸要及时采取治疗。溶血造成的黄疸需要给新生儿进行蓝光照射，必要时进行换血治疗，而感染造成的黄疸要积极抗感染治疗，肝胆畸形造成的黄疸可通过外科手术及时进行治疗。
