脑部磁共振目前是检查脑内病变常用手段，磁共振对脑的病变显示非常清楚，比CT更加优势，特别是对小病变CT检查不出来时，磁共振通常能够发现。主要可以检查出脑肿瘤，包括星形细胞瘤、淋巴瘤、转移瘤、垂体肿瘤。脑内畸形，包括胼胝体畸形，还有小脑畸形、脑裂畸形、脑血管畸形、脑血管动静脉瘘、海绵状血管瘤。

另外，可以用于脑血管意外的患者，特别是急性脑梗死的患者必须用磁共振才能够早期诊断。还有不同时期的脑出血，颅内感染病变，比如病毒性脑膜脑炎、化脓性脑膜脑炎、结核性脑膜炎、脑炎，还有寄生虫感染、脱髓鞘病变、脑缺血病灶、脑中毒，包括酒精性中毒，还有一氧化碳中毒都可以用磁共振检查。