对于萎缩性胃炎伴胆汁反流的治疗，患者需要定期随访，严重者应定期进行胃镜检查，患者也可以应用胃黏膜保护剂，饮食方面应多食用水果、蔬菜，并且应长期服用中成药。
萎缩性胃炎可以累及胃窦部、胃角、胃大弯、胃小弯，甚至整个胃黏膜均呈现萎缩改变。萎缩胃炎最重要的治疗是随访，特别是萎缩范围比较广泛、程度比较严重，伴有重度肠化的患者，一定要定期进行胃镜检查。因为严重萎缩肠化的患者，发生胃癌的风险，会比没有萎缩、肠化的患者更高。
患者也可以选择具有吸附胆汁作用的胃黏膜保护剂，比如碳酸镁、熊去氧胆酸，对于慢性胃炎伴胆汁反流也具有一定的治疗效果。患者应多吃新鲜的蔬菜、水果，可以适当补充维生素C，也可以长期服用中成药，可以在一定程度上延缓萎缩的进展。
