碘伏可以应用于伤口，即便是黏膜和开放性伤口，也可应用碘伏直接涂抹，不会对伤口的愈合和患者的本身造成不适，或导致愈合不良的情况出现。在临床工作中，碘伏是目前应用比较广泛的消毒制剂，其具有可靠的杀灭细菌、病毒的作用，同时由于是络合物，不会对肠道、黏膜、组织产生明显的刺激和损伤，应用碘伏患者也不会产生明显疼痛等。
在应用碘伏时，即便是肠道手术，也可以将碘伏直接涂抹在肠道切口处，不会对肠道的吻合产生任何不利影响，因此碘伏可以应用在伤口内。有时医生会将碘伏进行适当的稀释，用于伤口的冲洗和腹腔的冲洗，此操作主要是为了减少肠道表面对碘伏的不适反应，而减少肠道粘连，因此碘伏可放心使用，不像酒精只能应用于皮肤完整的伤口表面，尤其是在手术消毒时，才可以应用酒精类消毒制剂。
