免疫荧光检查的用途较广泛，既可以检查病毒，也可以检查微生物，还可以检查细菌。在病理检查中运用最多的是FISH检测方法，通常每一个乳腺癌病人均会进行HER-2检测。如果HER-2表达是阴性，病人不能够从赫赛汀治疗中获益。如果HER-2表达为(+++)，病人可从赫赛汀治疗中获益。
但是还有一种状态，即在免疫组化表达中是(++)，此种情况下就会运用到FISH检测方法明确HER-2状态。部分(++)的病人通过FISH检测方法可检测到HER-2扩增，可以从赫赛汀的治疗中获益。如果是阴性，病人不能够运用赫赛汀进行治疗。
当然，FISH检测不仅运用在乳腺癌中，在其他肿瘤中均会运用。比如淋巴瘤也可以运用FISH检测方法，明确是不是一种侵袭性极强的病变。
