宝宝便秘的原因较多，多属于功能性便秘。引起便秘的原因有饮食结构、排便习惯、生活学习环境的变化、遗传和神经心理因素等，原因不同，治疗的重点也会不同。
饮食结构不合理是其中较为主要的原因，有的宝宝在吃母乳的时候大便很好，但是吃配方奶就便秘。还有部分宝宝大便一直很好，添加固体食物之后就开始便秘，可能是食物中一些成分影响了排便。老一辈的人喜欢用上火去解释便秘，吃一堆去火的药物也不见效。
实际上，宝宝大便干结可能与食物过敏、食物营养成分比例不恰当有关，比如蛋白质摄入过多、碳水化合物摄入过少、缺乏膳食纤维等因素都可以导致宝宝便秘。还有可能是这个年龄阶段的宝宝正在摈除尿不湿，学习自主排便，还没有养成良好的排便习惯。还有些宝宝贪玩，不愿排便，有了便意反而下意识的憋住大便，都会导致大便干结。
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