肠镜麻醉大多数是非常短暂的过程，而且程度比较轻。因此，如果对于正常人，麻醉对身体的影响，几乎可以忽略不计。如果有比较严重的基础病变，还是有一定影响的。所以肠镜麻醉对身体有没有害，主要是看身体状况。
麻醉主要是非常基础的麻醉，用一些镇静剂，比如舒芬太尼、丙泊酚这样的药物。当肠镜结束时，基本上病人的镇静麻醉过程，也结束了，病人处于清醒的状态。曾经有美国的研究，对于婴幼儿的观察，发现麻醉对婴幼儿的身体，也几乎不会带来一些影响。
但是如果要是基础脏器功能比较差，比如有的人，有慢阻肺、肺功能非常差、肺气肿等情况，血氧浓度比较低，对麻醉比较敏感。尽管麻醉程度很轻，对呼吸、对心脏，还是有一定抑制的。如果本身呼吸功能非常差，麻醉加重这种抑制，可能会出现血氧饱和度低，不容易清醒，甚至会出现低氧。如果心功能比较差，在很轻微的麻醉状态下，也会对心功能产生进一步抑制，可能也会出现潜在的风险。
