通常进行性多灶性白质脑病的患者预后较差，该病为机会性感染，由于免疫缺陷，如艾滋病患者感染病毒后，继发出现脑部脱髓鞘疾病，一般症状比较重，且没有比较特效的治疗，在前几年死亡率居高不下，患者1年生存率在10%左右。但近几年随着新的抗病毒药物产生，进行性多灶性白质脑病患者的1年生存率也有所改善，目前能够达到50%左右，即患病1年后仍然有一半左右的患者死亡。
如果患者在患有艾滋病的情况下并发比较严重的感染，则恢复概率较小。如果患者存在严重的先天性免疫缺陷疾病，或恶性肿瘤继发的免疫缺陷疾病，以及进行器官移植，长期应用排异药物，通常预后偏差。进行性多灶性白质脑病治愈希望较小，但患病后应积极面对，尽量减少痛苦，尽可能延长生存时间。
