脑囊肿手术在上个世纪，手术方式主要是开颅进行囊肿剥离，但手术效果较差，创伤较大。目前已改变手术方式，进行囊肿腹腔分流手术，这种手术创伤较小，手术早期效果较好。但后来随病情延长，尤其低龄儿童几年以后甚至十几年以后可能出现分流管依赖和过度分流等情况，处理较为棘手。

而随着神经内镜技术进步，更多主张进行内镜下囊肿开窗和蛛网膜下腔充分沟通。采用这种手术方式，手术效果将大大改善，创伤较小，所以手术风险较低。蛛网膜囊肿的患者一旦出现症状，现在更多推崇神经内镜手术。而随着内镜技术不断进步，大部分蛛网膜囊肿患者能够获得的良好治疗效果。