绝大部分蛛网膜囊肿其实并不需要处理，可能只要观察，甚至到成人之后不需要特别关注。对于有症状、有影响蛛网膜囊肿，目前主流方法是手术。手术又分为三个类型，第一个是对蛛网膜囊肿进行剥离开窗；第二种是分流，把蛛网膜囊肿当中水引到最常见腹腔等其它地方，从而达到治愈蛛网膜囊肿效果；第三种是内镜下进行蛛网膜囊肿造瘘，是目前最主流也是最建议做的手术方式。因为是微创手术，效果会非常好，并发症会非常少。
理论上蛛网膜囊肿进行分流有效性是100%，但是会有一系列问题，尤其是分流管依赖。一旦产生分流管依赖，有可能会产生各种情况，比如恶性颅高压、恶性头痛、呕吐，这时候处理起来非常麻烦。人依赖一根管子不可靠，而蛛网膜囊肿进行造瘘，通过非常小窗口甚至只有2cm或者3cm窗口，进行内镜下操作，损伤非常小，而且能够避免长期并发症，所以造瘘可作为首选。
