病毒性脑膜炎后遗症大部分可以治疗，通过康复训练、药物的对症治疗、营养神经的药物治疗等，可以改善80%-90%的后遗症。
病毒性脑膜炎常见的后遗症有运动障碍、感觉障碍以及不自主运动等，可以通过康复训练，包括作业训练、手脚正常功能的训练等，在半年内可以改善80%-90%的功能。同时要给予营养神经的药物，包括甲钴胺、维生素B1、神经节苷脂以及鼠神经生长因子等。通过康复训练和药物对症治疗，可以改善运动障碍与感觉障碍。
此外，病毒性脑膜炎还可能导致智能下降，包括记忆力下降、计算力下降等，也可以通过智能方面的训练，逐步地改善后遗症。但后遗症可能不能完全康复到原来正常的水平，可以通过康复训练，改善记忆力和计算力。
还有一部分病毒性脑膜炎后遗症是因为癫痫发作，可以做脑电图确诊。确诊后要给予抗癫痫治疗，也可以改善其症状，部分后遗症可以治愈。
