贲门癌早期时，主要的治疗手段还是手术。因为不管是贲门癌、肺癌、胃癌，在早期治疗手段主要是手术，但手术不是治疗的唯一手段，因为目前恶性肿瘤的治疗不是单纯依靠一种手段就足够，往往需要手术、放化疗综合治疗，才能达到比较好的临床效果。所以贲门癌早期时以手术为主，手术以后根据术后的病理情况，考虑是否还需要追加放疗或者化疗，或者靶向药物治疗等手段做补充，临床效果更佳。
另外随着现在内镜技术不断发展，早期贲门癌经过严格选择以后也可以采用内镜下治疗。内镜下治疗的一种方式叫内镜下黏膜剥除术，英文简写是ESD。有一部分人经过严格选择以后，可以采取此类治疗方式，但这种方式选择性较窄，也就是适应人群不广，需经过严格选择，才可收到相对不错的临床效果。
