毛果芸香碱对眼睛有缩瞳作用。毛果芸香碱最重要的作用是使得瞳孔缩小，让瞳孔括约肌收缩，在应用此作用时，最初是用来治疗青光眼。
因为特别是在闭角型的青光眼，房角非常窄，当其发作时，虹膜会堆积在房角，引起房角关闭，使得眼压居高不下。在此情况下，使用缩瞳的药物如毛果芸香碱，使得瞳孔缩小、肌肉变薄，房角处可以扯开。
同时毛果芸香碱还可以使小梁网，也就是房水流出通道，在巩膜壁上的纤维的网架结构变得空间增大，能够促进房水外流，所以能够达到降眼压的作用。
但是单纯使用毛果芸香碱，并不能很好地降低眼压，特别是在眼压比较高，青光眼正在发作的时期，需要配合其他降眼压的药物同时处理，让眼压下来后，瞳孔缩小的作用才能体现出来。
青光眼的瞳孔在中大时，是引起眼压最高的时期。所以只要让瞳孔避开中大区域，眼压势必就可以下降。而眼压下降后，毛果芸香碱缩瞳的效果会更加明显。
但目前不主张长期使用毛果芸香碱，也就是并不希望瞳孔长期处于缩小的状态。至于何时使用，需要由专业的医师来决定。
