肝功查甲胎蛋白，是通过肿瘤标志物对肿瘤进行筛查，临床上查甲胎蛋白，主要是筛查原发性肝癌。因为70%原发性肝癌患者甲胎蛋白会明显升高，但30%患者甲胎蛋白正常。甲胎蛋白升高的情况下也要排除其他因素，如肝炎、肝硬化、胚胎源性肿瘤、妊娠等，也会导致甲胎蛋白异常升高。
一般原发性肝癌患者甲胎蛋白升高较明显，且会呈持续升高的趋势，因此针对甲胎蛋白的检查，主要是作为肝癌的初步筛查手段。一般对于年龄＞40岁的患者，建议每年检查甲胎蛋白。还需要结合肝胆彩超、肝功能等检查，进行综合评估，因为肝癌甲胎蛋白有一定的阴性概率，而结合肝胆彩超能有效判定肝胆是否有相关器质性疾病，更加明确是否有患肝癌的相关风险。
