婴儿进行心脏房间隔缺损手术后大部分预后良好，不会遗留相关后遗症。少部分婴儿可能会合并轻微后遗症，比如合并束支传导阻滞。个别小孩易合并不完全右束支传导阻滞，或者合并完全性右束支传导阻滞，个别婴儿也会出现轻微的室内传导阻滞。这些轻微的传导阻滞，不会影响心脏的结构和功能，大部分预后良好，仅遗留轻微心电图改变。
此手术是通过切开右心房，暴露房间隔，之后在右心房上进行缝补，个别婴儿在右心房的切开部位会形成瘢痕。极少数婴儿经过心脏房间隔缺损手术后会出现瘢痕相关的心律失常，称为先心术后心律失常。因为局部的右心房瘢痕会形成缓慢的传导区，与心房内的异常激动会形成返还，容易形成先心术后的瘢痕折返性心律失常。临床最常见的是有部分婴儿易出现房速，甚至出现房扑，如果发作时间较长、频率较快，则会出现心律失常相关的心肌病，比如心脏会出现不同程度的扩大，甚至出现心功能不全，会对婴儿生命构成威胁。
