双氧水最主要的作用就是杀灭口腔内的细菌。通常洗牙时医生是用仪器洗牙机通过震动从牙齿表面清除细菌，在这个过程当中为了要降低温度会喷水，所以会有很多的飞沫。用双氧水漱口最主要是减少口腔内的细菌，以及在随后的牙科的治疗过程当中，随着唾液飞奔到口腔周围环境当中，减少飞沫当中的细菌。所以现在已经不仅是洗牙，在口腔治疗之前医生都会给双氧水漱口水，或者其它的抗炎、杀菌作用的漱口水，降低口腔内的细菌的数量。
日常在家里面口腔卫生维护时，也可以用低浓度的双氧水来漱口，尤其是有严重牙周病的患者，把牙刷干净清除干净之后，配合用双氧水或者其它的漱口水，可以帮助更好的抑制口腔内细菌生长的速度，减少尤其有害的细菌的数量，能够让口腔维护在细菌数量比较少、毒素比较低的环境，有利于牙周组织的健康。所以无论是双氧水的漱口水还是其它有抑菌抗炎作用的漱口水，都不能代替刷牙、用牙线清除牙菌斑的作用。但是可以辅助、帮助减少口腔内的细菌，减少牙菌斑的生长。
