长期服用二甲双胍的副作用，主要表现在以下几个方面：
1、胃肠道不良反应：胃肠道不良反应是二甲双胍最常见的不良反应，也是很多糖尿病患者不能选择二甲双胍的主要原因之一。二甲双胍最常见的不良反应包括恶心、腹泻、胃痉挛、腹部的肿胀，以及消化不良。服用二甲双胍时，如果出现胃肠道的不良反应，可以通过两种方案进行调整。一个是换用二甲双胍的肠溶片或二甲双胍的缓释片，另一个是可以在吃饭的同时服药，而不是在空腹时服药，可以有效减少胃肠道的不良反应；
2、干扰维生素B12和叶酸的吸收：在服用二甲双胍的患者中，研究显示有30%的患者产生了维生素B12的缺乏症。缺乏维生素B12以后，患者可以感觉到疲乏、无力，另外就是可以对神经造成一定程度的损伤。所以如果服用二甲双胍，患者可以监测维生素B12的水平；
3、乳酸性酸中毒：一旦出现极为危险，也是二甲双胍较为少见的副作用。
