食管狭窄球囊扩张术，常见的并发症主要是胸骨后疼痛以及出血，疼痛、出血持续时间不长，疼痛在扩张时较明显，扩张结束后大部分人逐渐消失。若疼痛难忍，有一部分可能持续1-2天，在住院期间使用止痛药物后可以逐渐缓解。出血主要是局部黏膜撕裂导致，通常出血量较少，在操作前会评估凝血功能是否适合进行扩张治疗，术中观察局部黏膜情况，可以在术中使用止血药物。通过止血药物治疗以后，在术中可以观察到出血停止，较严重的并发症主要是穿孔，出现穿孔后可进一步导致血气胸、纵隔以及胸腔感染，甚至可能一部分人因感染过重，年龄较大，可能会导致严重的后果。

通常在内镜下绝大部分患者可以明确是否出现穿孔，如出现了小的穿孔，通常会要求禁食，或通过内镜下金属夹以及食管覆膜支架进行覆盖治疗，绝大部分可以好转。扩张部位如果在贲门口，可能会导致术后反流性食管炎。这种情况患者会出现反酸、烧心、胸骨后不适等症状，可使用抑酸药物，即奥美拉唑抗反流治疗后会逐渐好转。对于部分有心脏疾患的患者，可能会导致心律失常等不良事件，通常要求在扩张前需进行心血管事件评估，避免出现相应情况。