虽然体外冲击波碎石是微创治疗结石的办法，但也有一定的并发症，如肾脏损伤，肾脏损伤后形成瘢痕化，可以导致局部肾单位缺失。常见肾脏损伤包括肾实质损伤、肾包膜下血肿、肾盂裂伤、局部肾单位缺失以及完全性肾乳头坏死等，甚至发生急性肾功能衰竭。碎石治疗造成肾损伤的原因，主要是冲击波的空化效应和应力效应，主要损伤血管组织，所以部分高危患者，如有凝血功能障碍或者口服抗血小板、抗凝药物的患者会出现肾损伤。
降低冲击波的次数、频次和能量，会降低碎石引起的肾脏并发症。多数情况下肾脏损伤经过保守处理能够控制，对于较大的血肿，稳定后可以行穿刺抽取血肿。如果存在肾脏裂伤，要考虑行急诊动脉栓塞或者急诊手术，急诊手术可以行肾脏部分切除或者全肾切除。对于尿液外渗较轻的患者，保证尿液引流通畅即可，较严重的患者必要时进行穿刺抽取外渗尿液，同时给予抗感染治疗。
