草酸钙结石来源于尿液中草酸钙结晶的形成，逐步发展形成结石，而草酸钙结晶由于尿液中的草酸和钙结合导致，并从尿液中析出，常常在酸性尿液中析出。结石成因非常复杂，通常由晶体发展而来，而结晶的晶体成分不同，将结石分为含钙结石、感染性结石、胱氨酸结石和尿酸结石，结石可以是单一成分，也可以是复合成分。

由于结石病因的复杂性，通常分为外界因素，比如自然环境、天气等，个体因素，比如膳食结构、饮食习惯，还有是否有内分泌或者代谢性疾病等，泌尿系统的因素包括泌尿系统是否存在梗阻和感染。尿液的成石因素，在外界因素、个体因素和泌尿系统因素的综合作用下，会导致尿液中的成石因素增加，抑制成石因素减弱，从而导致尿液中的有形成分逐步析出，这些析出的物质为结晶，结晶进一步发展成为结石。由于草酸钙结晶容易在酸性尿中析出，所以在临床上通常对草酸钙结石的预防，要进行碱化尿液处理。