肝囊肿主要是以CT更为准确，但以B超作为首选的检查方法，因为B超经济便宜，而且无辐射，针对肝囊肿也可以准确地显示出其内部的相应的结构，所以肝囊肿做B超的检查是作为首选。
但是CT精度更高，能够更准确地显示肝囊肿的部位、大小、与周边的血管的关系，以及内部是否有出现异常，如是否合并感染、出血、胆漏等可能性。
还有肝囊肿的囊壁的炎症程度、增厚程度等，都可以在CT上面比较明确地显示。一般需要CT的增强扫描，进行肝囊肿与囊腺瘤或者囊腺癌的鉴别。
但CT相应的费用会更贵，而且具有辐射性，所以肝囊肿一般如果在B超无法确诊的情况下，可以再进行CT来综合的辅助检查。
因为B超和CT的工作原理不同，CT的工作原理主要是通过射线，而B超的工作原理主要是通过超声回声，所以这两个检查一般可以作为互为补充的效果，并不是单一存在。
