小脑幕脑膜瘤手术的风险与其它肿瘤存在共性风险，如麻醉风险、出血风险、术后感染风险等，同时因为其独特的解剖位置，又有自身所具备的风险，如在切除小脑幕脑膜瘤的过程中可能损伤重要的大静脉，即横窦。小脑幕脑膜瘤一般与横窦有粘连，甚至侵犯到横窦的血管腔内，切除时要注意保护横窦，因为横窦是引流小脑静脉的非常重要血管，横窦受损伤后，小脑静脉回流障碍会造成小脑严重水肿、肿胀，肿胀严重时可以压迫脑干导致呼吸、心跳骤停。
部分巨大肿瘤可能压迫第四脑室或者造成第四脑室粘连，术后造成脑积水即脑脊液循环不通畅，使颅压增高，同时部分巨大小脑幕脑膜瘤会影响后组颅神经，术后可能会出现口眼歪斜、吞咽困难、咳嗽不能等严重并发症。随着设备发展，如尖端显微镜、射频刀等，同时技术与解剖知识的不断进步，可以大幅降低手术风险发生的概率。
