治疗儿童睡眠肌阵挛，需明确导致其发生睡眠肌阵挛的原因，及时带孩子到医院就诊，检查头部CT或核磁，同时需查24小时脑电图，观察其在睡眠过程中发生肌阵挛时，是否有脑电图异常放电。若存在急性放电，如存在急慢或尖慢波，需要考虑可能由于癫痫引起的儿童睡眠肌阵挛。此时需根据孩子临床症状轻重及发作频率，考虑是否选择抗癫痫药物，若孩子发作频率较高且症状较典型，需要针对性选择抗癫痫药物进行治疗，同时还需观察其使用抗癫痫药物的治疗效果及对身体的损伤。
若孩子上述检查均属于正常水平，考虑可能属于正常生理现象，因为有部分孩子在睡眠过程中，可能出现肌阵挛现象，主要与其白天精神活动、维生素D与钙的水平等微量元素水平有一定关系。没有任何阳性辅助检查依据的儿童睡眠肌阵挛症状，可以不给予药物治疗，对孩子生长发育通常也不会造成影响。
