目前并没有比较有效地治疗HPV感染的药物，因此出现HPV39型感染时，目前也没有比较有效的药物。部分医院可能会尝试使用干扰素或生物蛋白敷料类药物进行治疗，但目前并没有特别充分的证据表明这些治疗有效。而且当发现HPV39型感染时，需排除是否有宫颈癌，或癌前病变的存在。HPV39型属于高危型的HPV病毒，若是持续出现HPV39型感染，可能会增加出现宫颈癌，以及癌前病变的几率。

如果是持续的HPV39型感染，尤其是持续1年以上的感染时，需进行阴道镜的检查，排除是否有宫颈癌前病变或宫颈癌。如果出现癌前病变或宫颈癌，需根据针对癌前病变或者是宫颈癌进行手术治疗。如果没有出现癌前病变或宫颈癌，此时通常不建议使用药物进行治疗，此时建议后续进行持续观察，需要1年以后再次复查TCT和HPV检查。在后续复查的过程中，可能人体自身能够清除这种病毒，但如果后续检查中依然持续阳性，则需要再次进行阴道镜的评估。