食物不耐受受遗传因素、内在因素、外界因素、发展进程等多种因素影响，因此食物不耐受有可能遗传。通常父母有食物不耐受史，孩子患食物不耐受的风险就很高，如果父母双方具有相同的食物不耐受症状，孩子食物不耐受的风险高达70%。除遗传外，内在的免疫系统和消化系统发育不成熟，在成长过程中也会逐渐发展为食物不耐受的情况。随着外界因素的影响，如受到外界的工业环境污染、压力，以及滥用药物、剖宫产、过度洁癖等，也会导致或者出现新的食物不耐受情况。
如果患者在早期出现轻微的食物不耐受情况，能够得到有效的改善和干预，症状可能得到控制或治愈，但如果没得到重视，任其发展，食物不耐受的症状有可能加重，或表现出新的症状。总而言之，遗传因素是增加食物不耐受概率的原因之一，但即使父母没有食物不耐受，通过后天或外界因素的影响依旧会存在风险，因此建议患者任何时候都不能放松对不耐受的关注和警惕。
