乙肝小三阳和肝囊肿是两个不同的疾病，虽然有的病人可能是同时患有乙肝小三阳或者是肝囊肿，但这两个疾病之间不一定相互作用。乙肝小三阳甚至乙肝病毒，在肝脏里不停复制，损伤肝脏的功能。肝囊肿是一种先天性疾病，肝脏里面有比较大的水泡，水泡随着时间的延长，可能会逐渐增大，但是肝囊肿不会癌变，即使有乙肝病毒作用，肝囊肿囊壁上的细胞，一般也不会癌变。

但是乙肝小三阳的患者里面的乙肝病毒，可能会刺激正常的肝脏细胞，肝脏细胞被破坏以后，反复地增生，最终可能相应的基因发生改变，造成肝细胞肝癌，和肝囊肿不一定相关。所以，有乙肝小三阳的病人，可能会发生肝细胞肝癌，但是肝细胞肝癌和肝囊肿是两码事，是两个疾病。

一般来说，肝细胞肝癌是实性的疾病，是局部实性的肿块。肝囊肿中间有比较清亮的分泌的液体囊泡，是液性或囊肿性的疾病，这两个疾病完全不同。所以如果有乙肝小三阳的患者，发现了肝囊肿，不用特别担心，但是要相应地对乙肝病毒进行监测和治疗，防止乙肝病毒损伤肝脏而将来发生肝脏肿瘤。