婴儿腹泻的原因可以分为两大类，一类是感染性腹泻，另一类是非感染性腹泻。感染性腹泻更为多见，首先以细菌感染为主，其次是病毒感染。细菌性腹泻婴儿可以在几天内突然出现大便次数改变增加、大便的性状改变，大便可以呈稀水样、糊状或者伴有黏液，严重者可出现全身症状，如发烧、腹痛、 呕吐等。
病毒性腹泻最常见的原因是轮状病毒感染，也叫秋季腹泻，主要发生在秋冬季，春季会有少许的发病，多见于两岁以内的患儿，突然出现呕吐、水样大便或蛋花汤样大便，一天可以大便十多次，腹痛症状不明显，疾病初期会有一定的发烧。还有少见的非感染性腹泻，以婴幼儿的乳糖不耐受多见，患儿出生后就会出现大便次数增多、性状改变。
