胸腺瘤不能简单的分良性还是恶性，临床医生会根据分期、病理分型，从这两个维度总体把握胸腺肿瘤良恶性程度，具体分期根据胸腺瘤的生物学行为来区分。根据胸腺瘤组织细胞成分不同，又将其分为A型胸腺瘤、B型胸腺瘤和C型胸腺瘤，还有AB型胸腺瘤。A型胸腺瘤和AB型胸腺瘤倾向于良性，B型和C型胸腺瘤有不同程度的恶性潜能。B型胸腺瘤开始有恶性细胞，到C型胸腺瘤完全是胸腺癌。

如果其对周围组织有侵犯或者包膜不完整，对包膜有侵犯，根据侵犯程度的不同和胸腔里有无淋巴结转移、有无胸腔积液等情况，给予不同临床分期。