雌激素低可能会造成围绝经期综合征的症状，使子宫萎缩、外阴萎缩。更年期后，尤其雌激素接近绝经期水平时，外阴的萎缩日渐明显，其水分减少、弹性变差，可能出现外阴瘙痒症状。进入绝经期后因阴道萎缩，阴道的弹性、抵抗力均明显下降，阴道从正常的酸性转化为中性，自洁作用消失、阴道炎随之而来，严重的会出现少量出血。
此外可造成盆腔内脏的下垂，因进入绝经期后雌激素水平下降，稳定支持的系统功能退化，以至于盆腔内生殖器官及附近的尿道、膀胱、直肠等下移。女性的腹部也向前松弛膨隆，严重者可有子宫脱垂。进入绝经期后雌激素水平下降，可以导致乳房萎缩、使乳房下垂，皮肤变干、变皱、各种色素沉着，毛发变得干枯、灰白，外观的衰老症状日益明显。
雌激素减少可以使冠心病发病率增高。绝经前女性因卵巢产生的雌性激素，血管不易硬化、血脂不易升高，但进入绝经期后，雌性激素水平急剧下降，心血管病发生率就会有所升高，同时胆固醇和低密度脂蛋白也会显著增高。此外雌激素减少还会造成骨质疏松。
