肾盂肾炎大体的病理解剖学特点是固缩肾，另外还可以出现肾小管萎缩、间质纤维化等的一些光镜下的表现。患肾盂肾炎时，肾脏是一个表面不光滑、不平的脏器，另外，体积也会缩小，这个时候通常称为固缩肾。把肾脏切开，就可以发现肾盂形状也不是太规则，然后肾盂也是缩窄的状态。
除了大体情况之外，还可以给肾脏切开以后做病理，然后看在光镜下的情况。在光镜下可以看到这个病人的大多数肾小管萎缩、肾间质纤维化，肾间质也会出现炎细胞浸润，这就是出现了肾小管间质损伤的情况，这就是肾盂肾炎的病理。
所以，对待肾盂肾炎的病人，通常要给病人积极治疗。对于急性肾盂肾炎，要求尽可能地一次性地治愈，可以把治疗时间拉长，治愈疾病。另外，对于慢性肾盂肾炎的病人，要记住定期地给病人抗感染治疗，把感染控制住以后，对减缓疾病的进展、减少肾脏萎缩，也有一定好处。
