免疫系统疾病主要分为特异性免疫系统疾病和非特异性免疫系统疾病，常见分析如下：
1、特异性免疫系统疾病：针对某个器官、某个组织产生的自身抗体，造成特异性的免疫性疾病，如亚甲炎，即针对甲状腺产生抗甲状腺球蛋白抗体，作用在甲状腺上，造成甲状腺的功能损害引发的症状，如1型糖尿病，针对胰岛细胞产生的抗体。
2、非特异性免疫系统疾病：如风湿性疾病，风湿科主要研究弥漫性的结缔组织病，主要是针对全身各器官、各系统产生的抗体、结合补体，主要是以免疫反应为主，如系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎、干燥综合征、皮肌炎、多肌炎、硬皮病，以及一大类的系统性血管炎，主要特点是弥漫性、全身性，且抑制性较强，与血管炎症密切相关，治疗上主要是激素治疗。
