肝素钠是一种抗凝药，肝素钠在体外、体内都是具有抗凝血作用。在临床上用于防治血栓的形成、其它的血栓栓塞性疾病，如心肌梗死、血栓性静脉炎、肺栓塞等，以及各种原因引起的弥漫性血管内凝血。同时还可以用于血液透析、体外循环导管术以及微血管手术等操作中，以及某些血液标本、器械的抗凝处理。
肝素钠可以用于深部皮下注射，也可以用于静脉注射或静脉滴注。需要注意的是在用于预防性的治疗时，如用于高危血栓形成的病人，多数是用于腹部手术之后来防止深静脉血栓。主要副作用是用药剂量过大时，可能会导致自发性出血，所以在每次使用肝素钠前都应该要测定患者的凝血时间。如果注射后引起严重出血，可静脉注射鱼精蛋白进行急救。具体用药情况需结合临床，以医生面诊指导为准。
