食管溃疡常吃的药物是抑制胃酸的药物、中和胃酸的药物，尽量避免胃酸对于食管的影响。另外主要用保护食管黏膜、修复食管黏膜的药物，包括硫糖铝、铝镁加混悬液，或洁维乐的混悬液，可以起到治疗食管溃疡的作用。

针对食管溃疡，最主要的是要明确病因，上述药物主要起到对症修复溃疡，防止溃疡再发展、加重，减少溃疡出血的作用。只有知道溃疡病因，才能够从根本上解决溃疡。

如肿瘤性溃疡要按照肿瘤进行处理，免疫病导致的溃疡，如白塞病引起溃疡，针对白塞病进行免疫抑制剂治疗。另外食管结核也可以引起溃疡，需要用抗结核药物进行治疗。

针对食管溃疡的治疗，除了使用铝碳酸镁、铝镁加、硫糖铝这些药物保护、修复黏膜，和抑酸的药物治疗外，康复新液也可以用于溃疡治疗。除这些治疗外，最主要是找到溃疡的病因，食管溃疡与胃溃疡、十二指肠溃疡的病因不完全一致，要按照食管溃疡相关病因进行对症处理。