3个月婴儿心脏有杂音可能是病理性的情况，也可能是生理性的情况，具体如下：

1、病理性的情况：此情况往往提示婴儿存在先天性心脏病的可能性。因为先天性心脏病在婴儿时期，如果缺损不是特别大，可能心脏杂音是其唯一的一个表现。当然杂音的位置和其最响亮的部位及性质，对先天性心脏病具有一定的诊断价值。如果是胸部左缘3-4肋间的反流性杂音，往往提示是室间隔缺损的这种先天性心脏病。如果是位于胸骨左缘2-3肋间的喷射性杂音，就提示往往存在肺动脉狭窄这种可能。如果是胸口左缘2-3肋间的连续性杂音，提示是动脉导管未闭。所以心脏杂音的性质和部位，对于判断先天性心脏病的具体类型，也具有一定的指导意义；

2、生理性的情况：当然3个月婴儿的心脏有杂音也可能是生理性的情况，此情况也很正常。因为3个月婴儿，由于在宫内的时候，肺动脉血流非常少，生后大量血流涌入到肺里，造成肺相对狭窄，此时也会产生杂音，这就是生理性杂音。随着年龄增长，肺血管发育好了、宽了，自然杂音就消失了。

所以3个月婴儿心脏有杂音，不管是什么样的情况，都要进行超声心动图的检查，来看其是不是有先天性心脏病，还是一个生理性杂音。单纯通过杂音的性质、部位和响亮程度，并不能够判断出到底是病理性，还是生理性。都得结合超声心动图来检查，看是不是有心脏结构异常，进而做出进一步的判断。