肺炎衣原体阴性，反映的是肺炎衣原体抗体的阴性。对于肺部感染的病人，可以通过特殊检查判断感染的原因。如果怀疑是肺炎衣原体感染，可以通过肺炎衣原体抗体的检查进行判断。病人感染了肺炎衣原体，通过抗体检查，会发现IgM与IgG抗体可能会出现阳性结果，具体分为以下情况：
1、如果是单纯出现IgM抗体阳性，此时提示病人有急性的感染，目前正在发病；
2、如果病人出现IgM与IgG抗体均为阳性结果，则提示病情已经有一段时间，或者病人可能趋向于恢复阶段；
3、如果病人出现IgG抗体阳性，而IgM抗体阴性，提示病人的感染过程已经过去或者处在恢复期；
4、如果病人的IgG与IgM抗体均为阴性，则可能会否认肺炎衣原体的感染，或者目前感染与肺炎衣原体感染关系不大。
针对此情况，还要考虑肺炎衣原体抗体检查可能存在假阳性或假阴性的问题。临床中要注意，除抗体检查外，还要综合考虑病人的相关临床症状，包括肺部影像学检查，以及咳嗽、咳痰等临床表现。
