婴儿乳糖不耐受，主要影响其消化功能。最主要危害，即出现儿童慢性腹泻，大便次数增多，每天都拉很多次水样便，严重乳糖不耐受会造成大便潜血。长期乳糖不耐受、腹泻，会造成营养物质摄取减少，引起营养不良，体格生长发育迟缓，即身高、体重不达标，此为乳糖不耐受的典型危害。随着时间延长，孩子食欲减低，营养摄取不够，丢失多、摄取少，会出现营养不良表现，导致体格生长发育迟缓。
对乳糖不耐受的婴儿必须及时处理，汉族人对于乳糖不耐受的发生率比较高，需要积极处理乳糖不耐受的情况。轻者可以加用乳糖酶进行缓解，重者只能吃免乳糖奶或免乳糖奶粉进行处理。当然乳糖不耐受，并非终生如此，随着年龄增加，乳糖酶合成也会增加，乳糖不耐受的情况会有所缓解、减轻。乳糖并非不好，乳糖对神经发育非常重要，不能长期喝免乳糖奶，症状缓解以后逐渐增加含有乳糖的奶，诱导乳糖酶生成，从而缓解乳糖不耐受症状。
