目前还没有针对治疗甲状腺过氧化物酶抗体增高的特效药物，所以对于上述指标的增高，医生能做的是告诉患者，其对身体的影响以及定期复查。如果患者已经出现甲状腺功能减退，可以补充甲状腺素，如果还没有甲状腺功能减退，可以继续观察，等到将来甲状腺功能出现问题，再根据这时的甲状腺功能，采取相应的治疗措施。
甲状腺过氧化物酶抗体的出现，是由于身体的免疫系统紊乱出现针对于身体正常酶的抗体，会影响到甲状腺过氧化物酶的活性。甲状腺过氧化物酶是甲状腺素合成中较为关键的酶，活性被降低时，会出现甲状腺素合成减少，因此患者易出现甲状腺功能减退，同时伴有颈部甲状腺的肿大，通常见于桥本氏甲状腺炎。因此也可以说甲状腺过氧化物酶抗体是桥本氏甲状腺炎比较特异性的免疫标志物之一。
