角膜内皮失代偿的治疗方法主要有以下几种：
1、药物：早期依赖于药物治疗，内皮失代偿后形成角膜明显的水肿，早期可使用高渗剂，如高浓度葡萄糖、等渗盐或等张盐水进行滴眼，甚至包括20%的甘露醇、速尿静推，使角膜水肿清除；
2、手术：晚期依赖于手术治疗，内皮细胞上有钠钾泵，可使角膜组织内多余水分排出前房、角膜，维持角膜透明性。若内皮细胞数量不足或大部分功能丧失，钠钾离子泵丧失功能性，六边形的内皮细胞大量丢失，只留下部分衰老的细胞，此时处于晚期。在药物治疗1个月后仍然无效，通过内皮镜证实内皮细胞数量不足时，可进行角膜内皮细胞的移植，即内皮细胞移植手术，目前临床应用较为成熟且效果较好。
